二、二者的用工招聘方式不同
劳动合同的签订没有严格的程序性要求。根据《劳动合同法》 第7条 用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。第8条 用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况;用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。
而聘用合同关系的建立，有着严格的招聘程序要求。根据《办法》第7条事业单位要结合本单位的任务，按照科学合理、精简效能的原则设置岗位，并依据国家有关规定和单位的实际情况确定岗位工资待遇。机构编制部门核定人员编制的事业单位设置岗位、聘用人员，不得突破核定的编制数额。第8条 人员聘用的基本程序是：(一)公布聘用岗位及其职责、应聘条件、工资待遇等事项;(二)应聘人员申请应聘;(三)聘用工作组织对应聘人员的资格、条件进行初审;(四)聘用工作组织对通过初审的应聘人员进行考试或者考核，择优确定拟聘人员;(五)聘用单位负责人员集体讨论确定受聘人员;(六)聘用单位法定代表人或者其委托的代理人与受聘人员签订聘用合同。
三、按合同期限特点分类不尽相同
根据《劳动合同法》 第十二条 劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。
根据《北京市事业单位聘用合同制试行办法》第十五条聘用合同分为短期、中长期和以完成一定工作为期限的合同。对流动性强、技术含量低的岗位一般签订3年以下的短期合同;岗位或者职业需要、期限相对较长的合同为中长期合同;以完成一定工作为期限的合同，根据工作任务确定合同期限。合同期限最长不得超过应聘人员达到国家规定的退休年龄的年限。
四、保障性合同签订条件不尽相同
聘用合同的保障性合同表现为签订至退休的合同;而劳动合同的保障性合同表现为(无固定期限的劳动合同的。二者签订条件不尽相同。
对于劳动合同的的签订者而言，若要签订无固定期限的劳动合同，根据《劳动合同法》第13条用人单位与劳动者协商一致，可以订立固定期限劳动合同; 第14条劳动者在该用人单位连续工作满十年的;用人单位初次实行劳动合同制度或者国有企业改制重新订立劳动合同时，劳动者在该用人单位连续工作满十年且距法定退休年龄不足十年的;连续订立二次固定期限劳动合同，且劳动者没有本法第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形，续订劳动合同的。用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。
对于聘用合同签订者而言，若要想签订期限至退休的聘用合同，根据《办法》第十六条受聘人员在本单位工作已满25年或者连续工龄已满XX年且年龄距国家规定的退休年龄已不足XX年的，如果本人提出订立聘用至退休的合同的，聘用单位应当与其订。
五、违约责任规定不尽相同
对于劳动合同而言，根据《劳动合同法》 第22条 劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。第23条 对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
而对于聘用合同而言，根据《办法》第43条违约金数额由双方当事人在聘用合同中自行约定，在聘用合同中未约定，但造成可计算经济损失的，由责任人按实际损失承担经济赔偿责任;第44条受聘人员经聘用单位出资培训后解除聘用合同，对培训费用的补偿应当在聘用合同中约定试用期间，受聘人员解除聘用合同，由单位出资培训的受聘人员应承担培训违约金;聘用单位解除合同，受聘人员不承担培训违约金。
六、用人单位能够单方解除合同的条件不尽相同
对于劳动合同，根据《劳动合同法》第39条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的。
第40条 有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
(一)劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的;
(二)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的;
(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
第41条 有下列情形之一，需要裁减人员二十人以上或者裁减不足二十人但占企业职工总数百分之十以上的，用人单位提前三十日向工会或者全体职工说明情况，听取工会或者职工的意见后，裁减人员方案经向劳动行政部门报告，可以裁减人员：
(一)依照企业破产法规定进行重整的;
(二)生产经营发生严重困难的;
(三)企业转产、重大技术革新或者经营方式调整，经变更劳动合同后，仍需裁减人员的;
(四)其他因劳动合同订立时所依据的客观经济情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行的。
对于聘用合同，根据《办法》第27条受聘人员有下列情形之一的，聘用单位可以随时单方面解除聘用合同：
(一)在试用期内不符合本岗位要求又不同意调整其工作岗位的;
(二)连续旷工超过10个工作日或者1年累计旷工超过20个工作日的;
(三)未经聘用单位同意，擅自出国或者出国逾期不归的;
(四)违反工作规定或者操作规程，发生责任事故，或者失职、渎职，造成严重后果的;
(五)严重扰乱工作秩序，致使聘用单位、其他单位工作不能正常进行的;
(六)被判处有期徒刑以上刑罚收监执行的，或者被劳动教养的;
(七)国家法律和法规规定的其他情形。
第28条 受聘人员有下列情形之一的，聘用单位可以单方面解除聘用合同，但应提前30日以书面形式通知拟被解聘的受聘人员：
(一)受聘人员患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作或由聘用单位安排的其他工作的;
(二)受聘人员年度考核或者聘期考核不合格，又不同意聘用单位调整其工作岗位，或者到新的岗位后考核仍不合格的;
(三)聘用合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使合同无法履行，经当事人协商不能就变更聘用合同达成协议或受聘人员不服从另行安排工作的。
七、解除合同获得补偿的标准不尽相同
对于解除劳动合同补偿标准：根据《劳动合同法》第47条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
对于解除聘用合同补偿标准：根据《办法》第45条被解聘人在本单位每工作1年，支付其本人1个月的上年月平均工资，月平均工资高于全市事业单位月平均工资3倍以上的，按3倍计算。
八、终止合同的经济补偿不尽相同
对于劳动合同的终止，关于经济补偿规定在《劳动合同法》第46条 有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
……
(五)除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的;
(六)依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的;
而对于聘用合同的终止，没有经济补偿的相关规定。
九、二者的用工管理不同
对于劳动合同签订后，用人单位对职工的管理主要依据是双方签订的劳动合同。
而对于聘用合同而言，用人单位对职工的管理出了依据双方签订的劳动合同以外，还要依据《办法》第46条聘用单位要按照聘用合同加强对受聘人员的聘后管理和考核工作。考核必须坚持客观、公正的原则，实行领导考核与群众评议相结合、考核工作实绩与考核工作态度相统一的方法。
考核内容应当与岗位的实际需要相符合。考核结果分为优秀、合格、基本合格和不合格4个等次。聘用工作组织在群众评议意见和受聘人员领导意见的基础上提出考核等次意见，报聘用单位负责人员集体决定。
第47条聘用单位应将对受聘人员的考核结果作为续聘、解聘、调整岗位、职务升降、工资待遇和奖惩的依据。
十、争议主管机关、解决程序及是否可诉不尽相同
对于劳动合同的争议，救济方式体现在《劳动法》第79条劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
对于聘用合同而言，根据《办法》第48条受聘人员与聘用单位对公开招聘、聘用程序、聘用合同期限、定期或者聘期考核、解聘辞聘、未聘安置等问题发生争议的，应协商解决;协商无效的，当事人可向上级行政主管部门申请调解和处理或者向人事争议仲裁委员会申请仲裁，仲裁结果对争议双方具有约束力。对于能否诉讼没有明确规定。
除此以外，有一些用工制度为《劳动合同法》所独有，在《办法》及相关文件中没有规定。即：《劳动合同法》第五章 特别规定之第一节集体合同，第二节劳务派遣制度，第三节 非全日制用工。这三项制度只受《劳动合同法》的调整。
